상업용 부동산을 분양받거나 매입하는 경우 취득가액에는 건물가액의 10%에 해당하는 부가가치세가 포함되어 있다. 사업자가 사업용 고정자산을 취득하고 부가가치세를 신고하는 경우 매입세액공제 제도를 통해 부가가치세를 조기환급 받을 수 있기 때문에, 임대목적으로 상가를 취득하였다면 계약과 동시에 임대사업자등록을 하고 부가가치세 신고를 하면 자금부담을 줄일 수 있다. 물론 꼭 임대목적이 아니더라도 취득한 부동산이 사업용 자산에 해당한다면 사업자등록을 미리하여 부가가치세 환급을 받을 수 있다. 단 부가가치세를 환급 받기 위해서는 반드시 일반과세자로 사업자등록을 하여야 하며, 늦어도 계약일이 속하는 반기의 다음달 20일까지는 사업자등록을 신청하여야 계약금에 대한 부가가치세부터 환급 받을 수 있다.
또한 부가가치세를 매입세액 공제를 통하여 환급 받은 후, 해당 사업을 10년이내에 폐업하게 되면 환급 받은 부가가치세 중 일부를 다시 납부하여야 하니 주의하여야 한다. 다만 포괄양수도 형태로 폐업을 하거나 폐업을 하지 않고 해당 부동산을 양도하는 경우에는 환급 받은 부가가치세를 납부하지 않아도 된다. 사업용 부동산을 사업자에게 양도하는 경우 반드시 건물 양도분에 대한 세금계산서를 발행하고 부가가치세를 신고 납부하여야 한다.
취득한 상가에 대하여 임대계약을 하는 때에도 반드시 부가가치세를 고려하여야 한다. 임대료수익의 10%는 부가가치세에 해당하며, 부가가치세를 분기 또는 반기별로 신고, 납부하여야 하는데 부가가치세에 대한 내용을 임대차계약서에 명기하지 않게 되면 부가가치세를 임대인이 부담하여야 하는 경우가 발생할 수 있다. 따라서 부동산 투자에 대한 수익률이 줄어들지 않게 하려면 반드시 부가가치세를 임대료와 구분하여 계약서에 표기하고 부가가치세를 별도로 수령하도록 하자.