추 장관은 9일 "만시지탄이나 이제라도 장관의 지시에 따라 수사 공정성 회복을 위해 검찰총장 스스로 지휘를 회피하고 채널A 강요 미수 사건 수사팀이 독립적으로 수사할 수 있도록 결정한 것은 공정한 수사를 바라는 국민의 바람에 부합하는 것"이라고 밝혔다.
이어 "국정원 사건 수사팀장 당시에 총장이 느꼈던 심정이 현재 이 사건 수사팀이 느끼는 심정과 다르지 않다고 총장이 깨달았다면 수사의 독립과 공정성을 훼손하지 않도록 함이 마땅하다"고 했다.
이는 윤 총장이 수사지휘를 전면 수용하면서도 2013년 국정원 수사 외압 폭로 당시 수사팀장 직무배제를 당하고 수사지휘에서 손을 뗄 수밖에 없었던 사실을 언급하며 부당하다는 뜻을 우회적으로 내비친데 따른 것이다.
윤 총장은 이날 오전 8시 40분 대검 대변인실을 통해 “수사지휘권 박탈은 형성적 처분으로서 쟁송절차에 의해 취소되지 않는 한 지휘권 상실이라는 상태가 발생한다”며 “결과적으로 서울중앙지검이 자체 수사하게 됐다”고 설명했다. 이어 "이러한 사실을 서울중앙지검에 통보했다"고 덧붙였다.
윤 총장이 추 장관의 수사 지휘에 대한 수용 여부를 직접적으로 언급을 하지 않았지만 '추 장관의 수사지휘권은 이미 발효 중'이라는 점을 인정한 것으로 풀이된다.
윤 총장의 이러한 입장 정리로 추 장관 수사지휘권 발동 1주일 만에 사태가 진정될 것으로 보이지만 서울고검장을 본부장으로 하는 독립 수사본부 설치 제안 주체에 대한 사실관계 논란은 계속될 전망이다.
대검은 윤 총장의 '지휘권 상실'을 인정하면서도 전날 공개 건의한 서울고검장 지휘 독립 수사본부 설치 절충안은 애초 법무부가 제안했으나 추 장관이 이를 거부했다는 취지의 입장을 냈다.
법무부는 이를 즉각 반박했다. 법무부는 "대검 측으로부터 서울고검장을 팀장으로 해달라는 요청이 있어 실무진이 검토했지만 장관에게 보고한 바 없다"며 "독립수사본부 설치에 대한 언급이나 이를 공개 건의해 달라는 요청을 대검 측에 한 사실이 없다"고 주장했다.