문 총장은 25일 오전 서울 서초동 대검찰청 4층 검찰역사관에서 기자간담회를 열어 "법무부 검찰과거사위원회의 조사결과를 무겁게 받아들인다"며 "늦었지만 이제라도 큰 고통을 당하신 피해자분들과 그 가족분들께 머리 숙여 진심으로 사과드린다"고 말했다.
이날 문 총장은 검찰과거사위가 지난 1년6개월간 들여다본 17건의 사건 중 김학의 사건(2013년)과 용산참사 사건(2009년), 유우성 간첩조작 사건(2013)에 대해 언급했다.
특히 김학의 사건은 "의혹이 남아 있고 부끄럽다"면서 한계를 드러낸 재수사에 안타까움을 나타냈다.
문 총장은 "김학의 사건은 성폭력, 뇌물, 수사 외압 등 크게 세 갈래로 재수사를 했다"며 "이 세 가지 혐의를 모두 입증하기 위해 검사를 여러 명 배치해 수사팀을 크게 꾸렸다"고 설명했다.
이어 "그러나 성폭력 혐의는 동영상이 있다는 것 자체가 오히려 장애요소가 됐고 직권남용이라고 논의될 수 있는 수사외압과 관련된 부분들은 자백이나 진술에 의존해야 하는데 관련자들이 모두 부인했다"며 "대통령국가기록관 등을 압수수색했으나 단서를 찾지 못했다"고 덧붙였다.
문 총장은 "다만 뇌물 부문은 수백 권의 관련 기록에 단편적으로 흩어져 있었던 것을 모아보니 하나의 모자이크 그림처럼 완성돼 기소하게 됐다"고 밝혔다.
그러면서 "1차 수사, 2차 수사를 하면서 왜 밝히지 못했을까 하는 점이 안타깝고 부끄럽다"면서 "시효가 있을 때 밝히지 못해놓고 (이제 와서) 시효 지나서 못 밝힌다는 말을 해야 하는 상황에 몰린 현실이 정말 부끄럽다"고 말했다.
더불어 문 총장은 유우성 간첩조작 사건도 검찰이 관련 증거를 자세히 살피지 않은 잘못이 있었다며 사과했다.
이어 용산참사 사건에 대해서는 "수사 초기부터 기록을 공개했어야 했는데 법률상 제한돼 있었다"며 "개인적으로는 처음 기록을 다 공개했으면 이렇게까지 의혹이 부풀려졌을까 하는 생각이 든다"고 말했다.
문 총장은 용산참사 사건, 유우성 간첩조작 사건 등 개별 사건에 대해 사과할 뜻이 있느냐는 질문에 "구체적인 방법을 내부적으로 검토 중"이라며 "임기 동안 할 수 있는데 까지 하겠다"고 했다.
다음 달 24일 임기가 만료되는 문 총장은 2017년 7월 취임한 이후 과거사 문제에 꾸준히 관심을 가져왔다.
지난해 3월 고(故) 박종철 씨 부친을 찾아 옛 검찰의 잘못을 사과한 데 이어 그해 11월에는 인권 유린이 자행된 형제복지원 피해자들을 만나 고개를 숙였다. 이달 17일에는 민주화 운동 과정에서 숨진 희생자들의 유가족 모임인 '한울삶'을 방문해 검찰의 지난 잘못을 사과했다.
한편 검찰과거사위는 △약촌오거리 사건 △형제복지원 사건 △박종철 씨 고문치사 사건 △남산 3억 원 신한금융 사건 △유우성 씨 증거조작 사건 △김학의 사건 △삼례 나라슈퍼 사건 △고(故) 장자연 씨 사건 △용산 참사 사건 등 17개 사건을 조사한 뒤 지난 5월 31일 활동을 종료했다.