13일 기재부와 농식품부, 농협 등에 따르면 기재부는 7월 세법개정안에서 1976년부터 비과세 혜택을 받아온 준조합원의 상호금융 예탁금·출자금 이자·배당소득에 대한 비과세 혜택을 종료하겠다고 밝혔다. 다만 14%의 기본세율 대신 내년부터 5% 분리과세, 2020년부터는 9% 분리과세 혜택을 준다는 방침이다. 기재부는 공정경쟁 필요성, 고소득층의 과도한 세제 혜택, 농어민에 대한 중복적인 조세 지원 등을 고려하면 비과세 축소가 필요하다는 설명이다. 예탁금·출자금 비과세가 축소되면 2869억 원의 세수가 확충될 것으로 보고 있다.
하지만 농협 등의 생각은 다르다. 농협의 경우 지난해 말 기준 총예금 299조3947억 원 중 비과세예금은 52조3898억 원으로 17.4%를 차지하고 있다. 비과세예금 중 준조합원 예금은 42조4744억 원으로 81.1%에 달한다. 비과세 혜택이 종료되면 당장 빠져나가는 예금은 많지 않겠지만 만기가 되면 빠져나갈 가능성이 크다. 관련 업계에서는 비과세 혜택이라고 해도 9만 원 정도에 불과한데 비과세 혜택을 종료할 경우 농협 등의 예금이 급감해 농민 대출에도 악영향을 줄 것으로 보고 있다.
이를 의식해 이달 10일 문재인 대통령에게 임명장을 받고 13일 취임한 이 신임 장관도 앞서 9일 열린 인사청문회에서 “농협으로서는 준조합원에 대한 예탁·출자금 비과세 혜택이 폐지되면 운용에 심각한 위해를 가할 수 있다”며 “농식품부 입장에서는 총력을 다해 막아야 할 것”이라고 밝혔다. 그는 “세법 개정안이 통과되면 지역 단위 농협별로 연간 2억7000만 원가량 수입이 감소할 것”이라며 “대단히 큰 규모”라고 강조했다. 이 장관이 본격 취임하면서 향후 비과세 폐지를 놓고 기재부와 갈등이 본격화할 전망이다. 이 장관은 전남 출신으로 친문의 재선 국회의원이다. 둘 사이의 갈등이 불거지면 아무래도 김 부총리가 불리하다는 평가다. 상호금융 업계 관계자는 “이 장관이 사실상 반대 입장을 밝혔다”며 “국회 통과가 어려울 것으로 보는 분위기”라고 전했다.