비상장법인 주식의 경우 시가가 형성되지 않아 매매 당사자간 합의로 거래되는 경우가 대부분이다. 시가가 없다는 점을 이용해 세부담을 줄이기 위한 목적으로 비상장법인의 주식을 활용하는 경우가 있으나, 세법에서는 이를 용인하지 않고 비정상적인 주식거래 통해 세부담을 회피하는 경우 증여세를 과세하는 등 제재하고 있다. 특히 부동산을 많이 보유한 법인의 주식을 양도하거나 증여하는 경우 거래 전 반드시 세금 문제부터 따져봐야 막대한 세금 추징을 예방할 수 있다.
부동산을 보유하고 있는 법인의 주식을 취득해 과점주주가 되면 법인의 부동산을 과점주주가 된 날에 새롭게 취득한 것으로 보고 취득세를 과세한다. 과점주주란 주주와 그 특수관계인의 지분 총합이 전체 지분의 50%를 초과하는 경우를 말한다.
부동산 보유 법인의 주식을 취득해 최초로 과점주주가 되거나, 과점주주인 상태에서 지분 비율이 증가하는 경우, 지분을 이전해 과점주주가 아니었다가 다시 과점주주가 된 경우 모두 취득세가 과세되지만, 다시 과점주주가 된 경우에는 과점주주 당시 최고지분율을 초과하는 경우에만 과세되므로 각 사례별로 취득세 과세문제를 따져봐야 한다. 이미 과점주주인 상태에서 법인이 취득한 부동산에 대해서는 간주취득세 납세 의무가 없으므로 부동산을 취득할 계획 중인 법인 주주의 경우 사전에 지분 정리를 한다면 취득세를 절세할 수 있다.
비상장 부동산법인의 주식을 양도 또는 증여 거래하는 경우 반드시 상증세법상 주식 가치평가를 해봐야 증여세 추징을 피할 수 있다. 부동산을 많이 보유하고 있는 법인의 경우 일반법인에 비해 상속세 및 증여세법상 평가액이 높게 나오는데, 이를 간과하고 임의의 가액으로 평가액보다 저가 또는 고가로 거래하게 되면 차액에 대한 증여세를 추징당하게 된다. 또 자산가액 중 부동산 비율이 높은 법인의 과점주주가 주식을 양도하는 때나 특정 업종을 영위하는 법인의 주식을 양도하는 경우 부동산에 대한 양도소득세 산출 방식에 준해 양도세가 과세되는 경우도 있으니 주식 양도 전 반드시 세액을 확인해야 할 것이다.