국세청에 따르면 부가가치세가 과세되는 사업을 할 때에는 일반과세자와 간이과세자 중 어느 하나로 사업자등록을 해야 한다.
일반과세자와 간이과세자는 세금의 계산방법 및 세금계산서 발급 가능 여부 등의 차이를 두고 있기 때문에 자기의 사업에는 어느 유형이 적합한지를 살펴본 후 사업자등록을 하는 것이 바람직하다.
일반과세자는 10%의 부가가치세 세율이 적용되는 반면 물건 등을 구입하면서 받은 매입세금계산서상의 부가가치세액 전액을 공제 받을 수 있고 세금계산서를 발급할 수 있다.
연매출이 4,800만원 이상으로 예상되거나 간이과세가 배제되는 업종 또는 지역에서 사업을 하고자 하는 경우에는 일반과세자로 등록을 해야 한다. 간이과세자는 0.5%~3%의 낮은 부가가치세 세율이 적용되지만 매입세액의 5~30%만 공제 받을 수 있으며 세금계산서를 발급할 수는 없다.
주로 소비자를 상대하는 업종으로 연간매출액이 4,800만원에 미달하는 것으로 예상되는 소규모사업자의 경우에는 간이과세자로 등록하는 것이 유리하다.
일반과세자 또는 간이과세자로 등록했다고 해서 그 유형이 변하지 않고 계속 적용되는 것은 아니며 사업자등록을 한 해의 부가가치세 신고실적을 1년으로 환산한 금액을 기준으로 과세유형을 다시 판정하게 된다.
간이과세자로 등록했다 하더라도 1년으로 환산한 공급대가가 4,800만원 이상이면 그 이상이 되는 해의 다음해 7월 1일부터 일반과세자로 전환되며, 4,800만원 미만이면 계속하여 간이과세자로 남게 된다.
당초 간이과세자로 등록했지만 거래상대방이 세금계산서를 요구하거나 기타 사정에 의해 일반과세자로 변경하고자 하는 경우와 처음에 일반과세자로 등록했으나 1년으로 환산한 수입금액이 4,800만원에 미달하면 간이과세자로 변경되는데 변경을 원하지 않을 경우에는 “간이과세포기신고”를 하면 계속 일반과세자로 남아 있을 수 있다.
그러나 간이과세를 포기하면 3년간은 다시 간이과세를 적용 받을 수 없으므로 신중히 검토히 결정하는 것이 좋다.
실제로는 연간 수입금액이 4,800만원에 미달하더라도 ▲일반과세가 적용되는 다른 사업장을 보유하고 있는 사업자(다만 개인택시, 용달차운송업, 이·미용업 등은 제외) ▲ 일반과세자로부터 사업포괄양수 받은 사업자 ▲간이과세 배제업종을 영위하는 사업자(광업, 제조업, 도매업, 부동산매매업, 전문자격사업(의사, 변호사, 변리사, 세무사 등) ▲사업의 종류 · 규모 · 사업장소재지 등을 감안하여 국세청장이 정하는 기준에 해당하는 사업자 등은 간이과세자로 등록할 수 없고 일반과세자로 등록해야 한다.