남북정상회담 회의록, 이른바 '사초(史草)'의 행방을 둘러싼 논란의 시작은 18대 대통령 선거를 앞둔 2012년 10월로 거슬러 올라간다.
남북정상회담 회의록 실종 사건을 둘러싼 논쟁은 2012년 대선을 앞두고 시작됐다.
그해 10월 통일부 국정감사에서 새누리당 정문헌 의원은 "노무현 전 대통령이 남북정상회담 당시 서해북방한계선(NLL) 포기 발언을 했다"고 발언하면서 정쟁이 시작됐다. 당시 민주당(현 새정치민주연합)은 정상회담 회의록을 유출한 혐의로 정 의원을 검찰에 고발했다.
2013년 6월에는 국가정보원에 보관된 회의록 발췌록을 열람한 새누리당 서상기 의원이 NLL 포기 취지 발언이 있는 것을 확인했다고 말했고, 이에 대해 문재인 의원은 회의록을 공개하자고 제안했다.
그러나 대통령기록관에서는 회의록 원본을 찾을 수 없었고, 대선을 앞두고 촉발된 정쟁은 '사초 실종사건'으로 성격이 바뀌었다. 수세에 몰렸던 새누리당은 오히려 사초가 발견되지 않은 책임을 물어 2013년 7월 참여정부 관계자들을 검찰에 고발했다. 노무현 전 대통령이 NLL포기발언을 한 사실을 은폐하기 위해 대화록 삭제를 지시했다는 주장이었다.
정문헌 의원을 약식기소하는 데 그쳤던 검찰은 김만복 전 국정원장과 조명균 전 청와대 안보정책비서관 등 관련자를 출국 금지하고 그해 8월 경기도 성남의 대통령기록관에 대한 사상 첫 압수수색을 벌이는 등 발빠른 행보에 나섰다.
검찰은 디지털자료 분석용 특수차량까지 동원해 755만건의 기록물을 분석하며 91일간의 대대적인 압수수색을 마쳤지만 회의록은 끝내 찾지 못했다. 검찰은 노 전 대통령이 퇴임 전 복사해간 '봉하 이지원'에서 회의록 초본이 삭제된 흔적과 완성본에 가까운 수정본을 발견했고, 백종천 전 청와대 외교안보실장과 조명균 전 청와대 안보정책비서관을 불구속 기소했다. 적용된 혐의는 '대통령기록물관리에 관한 법률위반'과 '공용전자기록등손상' 이었다.
14개월에 걸친 재판 끝에 법원은 회의록 초본은 대통령 기록물로 볼 수 없다고 판결하며 기소된 백 전 실장 등에 대해 무죄판결했고, 2년여가 넘게 진행된 'NLL포기 발언 진위 공방'은 법원에서 일단락됐다.