대한항공은 총괄사장 직속의 안전보안실을 설치하고 사고 방지를 위한 총체적 제반 활동을 수행하고 있다. 특히 대한항공은 외국인 임원을 안전보안 총책임자로 영입, 항공업무에 대한 전문성 및 세계 항공업계의 안전 동향을 빠르게 파악하고 있다. 안전보안실은 안전전략계획팀, 안전품질평가팀, 안전조사팀, 예방안전팀, 항공보안팀 총 5개 팀으로 구성돼 있으며 80여명의 전문인력이 근무하고 있다.
대한항공의 안전관리시스템(SMS)은 항공산업에 내재돼 있는 항공사고 위험요소를 사전에 체계·조직적으로 파악, 관리해 안전 성능을 향상시키기 위한 통합적 관리 시스템이다. 조직 구성과 책임 분담, 정책과 절차 등이 모두 포함돼 있다.
대한항공은 미국, 유럽 등의 선진 항공사들이 현재까지도 전면 시행에 어려움을 겪고 있는 SMS를 지난 2008년 도입, 국내 최초로 SMS 인증 관련 정부 인증을 획득했다. 현재 대한항공은 국내 타 기관뿐 아니라 해외 선진 항공사들과 SMS 관련 정보를 공유하고 있다.
대한항공은 이 밖에 2009년 10월 각 부문별로 분산 관리하던 안전관리 업무를 웹 기반의 전사적 SMS IT시스템인 ‘세이프넷(SafeNet)’을 개발해 통합 관리하는 방식으로 전환했다. 대한항공은 세이프넷 도입으로 부적합 사항, 위험 요인 등을 분류·분석하고 위험관리 원칙에 따라 위험 경감 전략 및 대책을 이행하면서 예방적이고 예측적 안전관리가 가능해졌다.
아울러 대한항공은 국제항공운송협회(IATA)에서 개발된 안전평가프로그램(IOSA)에 의거해 900개에 이르는 안전기준을 충족, 지난 2005년 1월 국내 항공사 최초로 IATA가 인증하는 IOSA 인증 항공사로 등록했다. 이후 2년간 유효한 등록 갱신을 지금까지 단 1건의 미충족 사항 없이 성공적으로 유지하고 있다.