이번 세제 개편안에서 정부는 조세체계의 합리화를 위해 해외금융계좌 신고제도 정비와 소득세·양도세에 대한 과세 보완을 중점적으로 다뤘다.
특히 해외금융계좌의 연중 최고잔액 합계가 10억원을 초과하는 거주자와 내국법인에게 부여되는 신고의무와 관련해 그 면제 대상을 구분할 명확한 기준을 만들었다.
국내 거주기간은 해당 신고대상 연도 종료일 2년 전부터 기산해 국내에 거소를 둔 기간의 합계가 1년 이하로 했다. 재외국민의 정의도 명확히 규정해 그동안 초래한 불편을 해소했다.
또 해외금융계좌를 수정 또는 기한 후에 신고하는 경우 자기시정 기회를 제공하는 한편, 과태료 감면 인센티브 제공을 통한 자발적 참여 유도를 위해 관련제도 및 과태료 감면 규정을 신설했다.
해외금융계좌 성실신고 분위기 조성을 위해 정보 제공에 대해 포상금제도도 도입했다. 신고의무 위반 행위를 적발하는 데 중요한 자료를 제공하는 자에게 1억원 한도로 납부금액의 일정액이 지급될 예정이다.
소득세 과세제도 역시 보완됐다. 우선 근로장려세제 적용시 전세금 평가 방법에 대한 보완이 이뤄졌다. 신청자가 제출하는 계약서상의 금액으로 결정하는 현안을 원칙적으로 따르지만, 신청자가 증빙서류를 제출하지 않거나 특수 관계자 간 임대차계약(무상임차포함)인 경우에는 기준일 현재 임차주택 기준시가의 50%를 전세금으로 간주하는 신설된 평가 방법에 따른다.
다수 사업장에서 각종 의무불이행으로 감면에서 배제되는 경우, 사유가 발생한 사업장만 감면을 배제하도록 개편했다. 앞으로 사업장의 과도한 불이익을 방지할 수 있게 됐다.
양도세에 대한 과세제도에 보완도 이뤄졌다. 먼저 예정신고 무신고자도 등기부기재가액을 실지거래가액으로 추정하도록 해 양도세를 결정할 수 있게 했다. 또 수도권 밖에서 실수요목적으로 주택을 취득한 경우 적용되는 과세특례에서 양도시기를 보완해 부득이한 사유가 해소된 날부터 3년 이내 양도하도록 개정했다.
부가가치세 신고기한을 외국법인도 내국인과 같이 25일로 일원화된다. 부가세 예정고지에 전자세금계산서 발급 세액공제(건당 200원)가 포함된다. 금지금(金地金) 면세제도 적용기한이 2012년 말로 1년 연장된다.
국내 사업장이 없는 비거주자 등으로부터 국내 대리인 등을 통해 용역을 공급받으면 국내 사업자인 대리인 등의 공급으로 본다. 부가세 대리납부 적용 대상 공급에 무체물이 추가되고 과세사업자도 매입세액불공제 대상 용역 등을 공급받는 경우 대리납부의무자가 된다.