민주당 등 야당 의원들은 병역 기피 의혹을 비롯해 김후보자 누나가 총장으로 있는 동신대 특혜지원 의혹과 대법관 시절 상지대 판결 논란, 재산ㆍ증여세 탈루 의혹, 4대강 사업 감사 발표 지연 등에 대해 문제를 제기하며 김 후보자를 궁지로 몰아넣었다.
이에 반해 한나라당은 야권의 공세에 대해 흠집내기용이라며 김 후보자를 엄호하는 모습을 보였다.
김 후보자에 대한 청문회 최대 쟁점중 하나인 병역기피 의혹과 관련해 김 후보자는 전날 부동시(不同視.두 눈의 시력차가 커서 생기는 장애)로 판정받은 시력검사 결과를 국회에 제출했다.
이에 대해 야권은 김 후보자가 고교 시절 배드민턴 선수로 활동하는 등 대학 입학 이전에 눈이 그다지 나쁘지 않았으며 70년과 71년 시력 문제가 아닌 갑상선 기능항진증으로 신체검사에서 징병을 연기한 점 등을 들어 의혹을 제기했다.
민주당 김유정 의원은 "김 후보자가 떳떳하다면 안과 진료카드와 건강검진 및 운전면허 적성검사 사본 등 기초적 자료도 내지 못하는 이유가 무엇이냐"며 자료 제출을 거듭 촉구했다.
자유선진당 임영호 의원도 "70년, 71년 두 번의 신체검사에서 나타나지 않았던 부동시가 병역면제 판정을 받기 3개월 전인 72년 3월까지 갑자기 진행됐다는 것은 이해하기 힘들다"고 가세했다.
반면 한나라당 김기현 의원은 "근거없는 의혹 제기야말로 무책임한 행태"라고 반박했고 이정현 의원도 "자료 제출로 이미 의혹이 해소되지 않았느냐"고 김 후보자를 옹호했다.
또한 대통령 측근인 은진수 감사원 감사위원이 4대강 감사 주심을 맡은 과정과 감사원의 4대강 감사결과 발표 연기 등을 놓고 감사원장 시절 정치적 중립성 문제도 도마위에 올랐다.
민주당 최영희 의원은 "주심 배정 순서 조작을 통해 의도적으로 은 감사위원에게 4대강 감사를 배정했다"고 주장했다.
이에 반해 한나라당 이두아 의원은 4대강 감사 주심 배정 조작 의혹과 관련해 "감사 착수 순서와 상관없이 실질감사의 진행속도에 따라 주심 배정이 탄력적으로 이뤄지는 경우는 얼마든지 있었다"고 설명했다.