영결식은 이명박 대통령을 비롯해 전두환 전 대통령, 이용훈 대법원장, 김형오 국회의장 등 3부요인과 전군 주요지휘관 및 유가족 등 2800여명이 참석한 가운데 1시간 가량 진행됐다.
순국 장병들에 대한 경례 및 묵념으로 시작된 이날 영결식에서 이 대통령은 '46용사' 모두에게 일일이 화랑무공 훈장을 추서했으며 김성찬 해군참모총장의 조사, 천안함 갑판부사관 김현래 중사가 추도사를 각각 낭독했다.
종교의식에 이어 이 대통령 내외와 김태영 국방부장관 등 주요 지휘관과 유가족 대표 등이 헌화 및 분향을 한 후 영령들의 넋을 기리기 위해 9발의 조총이 발사되고 함정에서 10초간 기적을 울렸다.
이후에는 해군 군악대 중창단 20명이 천안함 용사들이 평소 즐겨 부르던 '바다로 가자'와 '천안함가'를 합창하는 가운데 천안함 생존장병 46명이 '46용사'의 영정을 직접 들고 전우의 마지막 길을 함께 했다.
해군 의장대 208명이 도열한 가운데 호위병 2명의 선도로 대형 태극기와 해군기를 앞세운 운구행렬은 용사들의 영현과 영정과 위패, 훈장, 운구함 순으로 이동했다.
안보공원을 나와 군항 부두로 이동한 영현과 영정은 정박한 함정에서 울리는 5초간의 기적소리와 함께 하늘로 높이 떠오르는 해군 정모와 정복을 상징하는 흰색과 검은색 풍선 3000개를 뒤로 한 채 2함대 정문을 거쳐 해군 아파트로 이동했다.
모든 함정의 승조원들은 정복 차림에 함정의 뱃전에 도열해 최고의 예우를 표하는 '대함경례'도 올렸다.
해군아파트를 지날 때에는 도로변에 도열해 있던 해군 장병 가족과 주민들이 "편히 쉬시라"며 고인들에게 국화꽃을 헌화했고 태극기를 저마다 손에 든 원정초교 4∼6학년생 300여명이 흰색 풍선과 추모의 글을 적은 종이비행기를 날리며 애도의 뜻을 표했다.
한편 유가족들과 함께 2함대를 영원히 떠난 '46용사'의 영현은 이날 오후 3시께 국립대전현충원 사병묘역에 안장된다.