정부는 이번 세제개편안을 통해 2013년까지 3조5000억원의 세수가 감소할 것으로 추산했다.
하지만 세수감소분만큼 숨겨진 세원을 발굴하고 세원투명성을 높여 세입기반을 확충해 감소되는 세입기반을 확충한다는 복안이다.
재경부는 이에 따라 올해 일몰이 도래하는 각종 비과세·감면제도 22개 가운데 10개를 폐지하고 4개를 축소, 8개는 연장키로 했다.
재경부는 "일몰이 연장되는 부분은 성장동력 확충 및 서민층 등 취약계층을 지원하는 내용이 포함됐다"며 "나머지는 중장기적 조세개혁정책에 따라 폐지 또는 축소키로 한 것"이라고 명했다.
또한 현재 5000원으로 된 현금영수증 발급 최저금액을 소액 현금거래 투명성을 높이기 위해 내년 7월부터 최저금액을 폐지키로 했다.
이 때 자영업자의 현금영수증 발급확대를 지원하기 위해 5000원 미만 현금영수증 발행에 대한 세액공제를 위해 발행건당 20원의 세액을 공제토록 하는 방안을 2010년말까지 시행키로 했다.
그동안 지속적으로 축소가 될 것으로 예상됐던 신용카드 등의 소득공제가 현행 총급여액의 15% 초과분의 15%에서 각각 20%씩으로 상향돼 오는 2009년까지 적용된다.
재경부는 이와 함께 금지금에 대한 거래 정상화를 위해 현행 수입업자 및 제련업자가 세공업자·금융기관에게 판매하는 금지금 면세 혜택을 금융기관이 세공업자에게 판매하는 금지금에 대해서도 2010년까지 주기로 했다.
재경부는 또 농어업용 면세유 부정유통을 방지하기 위해 농업용 기계 재신고 기간을 2년 단위로 하도록 하고 면세유를 사용하는 모든 농민은 면세유전용카드를 사용토록 했다.
이와 함께 내년부터 농어민이 농어업용 기계 허위신고시 2년간 면세유 공급을 중단하고 면세유 공급중단 기간을 2년으로 연장키로 했다.
재경부는 또 가공세금계산서 거래를 막기 위해 가공·위장세금계산서 발행인뿐만 아니라 수취를 하는 경우에도 발행 및 수취금액의 2%를 가산세로 부과키로 했다.
또한 가공세금계산서를 이용해 부가세를 납부한 사실이 확인되더라도 즉시 환급해주지 않고 향후 5년간 납부할 부가가치세에서 차감토록 제도를 보완키로 했다.