내년부터 농·축협 세금 부담 커져…과세특례 대상 제외

세법개정안 '매출액 1000억 원·자산 5000억 원 초과 조합' 혜택 종료

▲농협 임직원들이 마늘 농가를 찾아 마늘 주대제거와 양파 수확 작업 일손을 거들고 있다. (뉴시스)

내년부터 정부가 대형 조합 법인에 대한 과세특례 혜택을 축소하면서 지역 농·축협의 법인세 부담이 크게 늘어날 전망이다. 농협 등은 정부의 기준 적용이 불합리 하다는 입장이다.

기획재정부가 22일 발표한 '2020년 세법 개정안' 가운데 과세형평 분야에서는 대규모 조합법인에 대한 과세특례 적용 배제 및 적용기한 연장에 대한 내용이 명시됐다.

개정안에 따르면 농협과 수협, 신협 등 조합법인가운데 매출액이 1000억 원 또는 자산총액 5000억 원 초과 대규모 조합법인은 과세특례 적용대상에서 제외한다.

현재 이들 조합법인에는 당기순이익 과세표준이 20억 원 이하일 때는 9%, 과세표준 20억 원 이상인 경우는 12%의 법인세율이 적용된다. 일반법인에 대한 10~25%의 법인세율에 비해 저율과세 혜택을 받고 있다. 개정안은 이 혜택을 올해 말까지만 모든 조합법인에 적용하고, 내년부터는 매출액과 자산총액 기준을 마련해 대상을 축소한다.

지난해 기준 농·축협은 이 혜택으로 약 1500억 원 이상의 세금을 감면 받은 것으로 조사됐다. 하지만 번 개정안에 따라 과세특례 적용대상에서 제외되는 농·축협은 219곳이고, 이들의 감면액은 전체의 절반인 760억 원에 달한다.

정부는 과세형평성 실현을 목적으로 대형 조합법인들에 대한 저율과세를 축소하고, 일반법인과의 과세형평을 맞춘다는 방침이다. 하지만 농·축협은 이같은 혜택 축소가 부당하다고 지적한다.

농협 관계자는 "그동안 농협구조 개선을 위해 정부 방침에 맞춰 꾸준히 합병을 추진해왔고, 그에 따라 규모가 커졌다"며 "이제와서 매출액이 많다는 이유로 높은 세금을 부과하는 것은 맞지 않다"고 강조했다.

여기에 농산물 유통을 담당하는 농협의 경우 규모가 커질 수 밖에 없는 구조라는 이야기도 나온다. 농민들의 농산물 구매와 유통은 이익 보다는 손실의 우려가 크다. 실제로 지난해 농협은 유통사업에서만 약 9000억 원의 손실을 본 것으로 나타났다.

농협 관계자는 "농산물 유통사업은 규모는 크지만 수익이 나지도 않고, 손실이 생기는 분야"라며 "매출액 때문에 저율과세 대상에서도 제외되면 적자 규모는 더욱 커질 수 있다"고 우려했다.