대법원, "2009년 이후 부과된 종부세 일부는 이중과세" 첫 판결

국세청, "파기환송심에서 적극 대응할 것"

2009년 이후 국세청이 종합부동산세(종부세)에서 공제되는 재산세에 '공정시장가액 비율'을 적용한 것은 이중과세로 봐야 하므로 부당하다는 대법원 판결이 나왔다.

국세청은 매년 1조원이 넘는 종부세를 걷어왔기 때문에, 중복과세를 취소해달라는 소송이 이어질 것으로 보인다.

대법원 1부(주심 고영한 대법관)는 KT와 한국전력, 신세계, 국민은행 등 25개 기업이 각 관할 세무서장을 상대로 낸 종합부동산세 부과처분 취소청구 소송 상고심에서 원고 패소 판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다고 13일 밝혔다.

대법원은 대림산업과 롯데제과 등 9개 기업이 같은 취지로 낸 소송에서도 동일한 판결을 내렸다. 이번 판결로 34개 기업은 파기환송심을 통해 200억원이 넘는 세금을 돌려받게 될 것으로 예상된다.

현행 종부세법상 기업은 상가, 사무실 부속 토지가 80억원이 넘으면 종부세를 내야 한다. 예를 들어 부속토지 공시가격이 100억원일 경우, 과세 기준인 80억원을 빼면 나머지 20억원이 과세대상이 된다. 국세청은 이 20억원에 상응하는 재산세를 공제하는 식으로 이중과세 논란을 피해왔다.

문제는 재산세 공제액을 산정하면서 이 20억원에 공정시장가액 비율 80%를 적용할 지 여부다. 공정시장가액 비율이란 재산세와 종합부동산세 모두 공시가격을 기초로 과세표준을 산정하되, 부동산 시장 동향과 여건 등을 고려해 양 세금의 비율을 조정하는 것을 말한다.

국세청은 그동안 공성시장가액을 적용해 20억원에 0.8을 곱한 16억원을 기준으로 종부세에서 공제되는 금액을 계산했다. 그러나 대기업들은 16억원(80%)이 아닌 20억원(100%)을 기준으로 공제금액을 정해야 한다고 주장하며 소송을 냈다.

1심은 기업 주장을 받아들여 원고 승소 판결했지만, 이 판결은 2심에서 뒤집혔다. 대법원은 1심 판결이 옳다고 봤다.

재판부는 "지방세법과 종합부동산세법 개정 경위와 취지 등을 고려하면, 시행령이 과세기준금액을 초과하는 부분에 대해 종합부동산세와 중복 부과되는 재산세액을 공제하려는 기본 취지에는 아무런 변화가 없다"고 밝혔다.

재판부는 "시행령상 공제되는 재산세액의 계산방법이 변경됐다고 하더라도, 개정 취지가 공제되는 재산세액의 범위를 축소·변경하려는 것이었다고 볼 수는 없다"고 덧붙였다.

국세청은 "이번 대법원 판결은 재산세가 과다하게 공제되는 결과를 초래하고, 개정법령의 입법취지와 문언에도 일치하지 않는다"고 밝혔다. 국세청은 "향후 파기환송심에서 관련부처와 협의해 이러한 부분에 대해 적극 설명하고 대응할 예정"이라고 전했다.